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6场半全场结果: Illumina MiSeq

最短的時間內獲得答案,智能化的工作流程,廣泛的測序應用范圍

6场半全场胜负玩法介绍 www.qkhchm.com.cn Illumina公司推出MiSeq是一臺在單個儀器上整合了擴增、測序和數據分析的新一代測序儀,每次運行能產生超過1Gb的數據,且占地面積僅為2平方英尺。MiSeq有著革命性的流程和無可比擬的準確性,這讓它成為快速且經濟高效的遺傳分析的理想平臺,適合廣泛的應用。同時Illumina的最新消息,其已被FDA大量采購并即將通過FDA認證,12年10月,MiSeq系統的測序通量已升級至8G左右。升級通過兩個方面完成,一個是cluster密度的增大,升級后cluster密度增加至15-17million,而pair-end讀取的reads數目將會增加至30-34million;另一方面是通過測序讀長而提升通量,測序讀長達到2*300bp,同時測序速度也有所提升。目前,Broad研究院已經利用現有試劑實現了單端測序300bp讀長,Illumina目前內部測序更是完成了2*400bp的pair-end測序。而這些,都是保證在高質量數據結果的前提下完成的。


MiSeq性能參數


測序時間和數據量


讀長(bp)時間總數據量Q30
1×36~4 hrs540-610 Mb﹥90%
2×25~5.5 hrs750-850 Mb﹥90%
2×100~16.5 hrs3.0-3.4 Gb﹥85%
2×150~24 hrs4.5-5.1 Gb﹥80%
2×250~39 hrs7.5-8.5 Gb﹥70%



讀取量比對


運行類型通過過濾的讀?。ò僂潁?/span>
升級前升級后
單端讀取5-7 M15-17 M
末端配對讀取10-14 M30-34 M


 

工作流程


 

 

大特性

1、超短的實驗周期:從樣品制備開始只需要8小時即可得到超過100M的高質量測序結果。

2、便捷的樣品制備流程:只需50ngDNA模板,2小時的自動化操作就可以完成全部樣品制備工作。

3、精確的測序原理:MiSeq繼續GA和HiSeq平臺的邊合成邊測序的化學原理,數千篇高質量的國際期刊文章是對Illumina NGS平臺測序結果可信度的有力證明。

4、完整的整合功能:MiSeq可以獨立完成簇生成,雙向測序及數據分析工作,讓經費和實驗室空間不再成為NGS研究的障礙。


 

應用范圍

1、轉錄組測序

派森諾MiSeq測序平臺是基因組已測序物種的轉錄組分析最佳平臺。公司技術團隊目前已完成了包括斑馬魚在內的多種植物、動物的轉錄組測序及分析。


2、宏基因組16S rDNA單V區測序

對16s rDNA的單V區(V3\V4)進行高通量測序,鑒定細菌群和古生菌群。派森諾的技術團隊使用Illumina MiSeq測序16S rDNA V4區并結合Roche 454 FLX+測序16S rDNA V1~V3區成功的對雞的腸道環境細菌進行了鑒定。


3、Small RNA測序

1*35bp的讀長完美地配合了小RNA的測序長度,速度快,靈敏度高。派森諾的技術團隊目前已完成了鵝的小RNA測序和多種中草藥的小RNA測序。


4、重測序:包括全基因組重測序、簡化基因組測序、外顯子測序。

Illumina MiSeq非常適用于對微生物基因組的重測序,每次運行即可完成一個微生物基因組測序。2011年12月27日,派森諾的技術團隊利用MiSeq一次運行同時完成了乳酸菌(Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus casei P8)的重測序,基因組覆蓋深度為分別為404倍和213倍,比對至參考序列,基因組覆蓋率為100%,同時檢測到了多種結構變異,包括插入、缺失和SNP位點,并且檢測到了全部質粒。

 


數據展示