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6场半全场:擴增子/功能基因測序

6场半全场胜负玩法介绍 www.qkhchm.com.cn 借助合適的類群特異性引物,可以檢測菌群中特定種類/功能微生物的特征序列,反映菌群中該特定類群微生物的組成結構,從而發現它們的分布特征,闡明樣本間多樣性和組成差異,進而揭示該類群微生物中與差異相關聯的關鍵成員。


產品特點

根據擴增片段長度,可以靈活選擇二代/三代測序平臺,實現對特定微生物類群的測序研究。

碳代謝、氮代謝和硫代謝循環圖*

*Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.



類群特異性引物示例

根據擴增片段長度,可以靈活選擇二代/三代測序平臺,實現對特定微生物類群的測序研究。

功能類群

基因縮寫

基因名稱

擴增片段大小

測序平臺

碳循環

xyn

木聚糖降解酶基因

1149 bp

PacBio

pduP

丙醛脫氫酶基因

1088 bp

PacBio

氮循環

nifH

固氮酶鐵蛋白基因

450 bp

Illumina

nosZ

一氧化二氮還原酶基因(反硝化作用)

252 bp

Illumina

nirS

亞硝酸鹽還原酶基因(反硝化作用)

425 bp

Illumina

nirK

亞硝酸鹽還原酶基因(反硝化作用)

326 bp

Illumina

硫循環

dsrAB

亞硫酸鹽還原酶基因

1900 bp

PacBio



典型合作案例解讀

土壤中堿性磷酸酶功能菌的組成受長期施肥方式的影響

發表期刊:Biology and Fertility of Soils

最新影響因子:3.069

發表時間:2017年

擴增片段長度:371 bp

測序平臺:Illumina MiSeq

研究內容:

堿性磷酸酶(Alkaline phosphatase,ALP)主要由土壤微生物代謝產生,對于土壤磷代謝具有重要意義。本文通過高通量測序技術,研究了施肥方式對于土壤中攜帶ALP基因(phoD)的功能微生物類群的長期影響(超過35年)。

不同處理組的ALP功能菌群的多樣性差異

ALP功能菌群的物種組成及其系統發育樹圖譜


RDA分析揭示各影響因素對ALP功能菌群的影響力強弱


實時熒光定量PCR驗證phoD基因的含量


ALP功能菌群和各種因素對土壤ALP活性的影響示意圖

參考文獻:

Luo, G., Ling, N., Nannipieri, P., Chen, H., Raza, W., Wang, M., Guo, S., and Shen, Q. (2017). Long-term fertilisation regimes affect the composition of the alkaline phosphomonoesterase encoding microbial community of a vertisol and its derivative soil fractions. Biology and Fertility of Soils, 1-14.