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真菌全基因組從頭測序（Fungi Whole Genome de novo Sequencing），是指對基因組序列未知或無近緣物種基因組信息的某個物種，構建不同插入片段的基因組DNA文庫并對文庫進行序列測定，然后利用生物信息學方法進行拼接、組裝和注釋，從而獲得該真菌的全基因組序列圖譜。
產品參數
產 品 | 文庫插入片段大?。╞p） | 測序平臺及測序模式 | 測序深度 | 交付指標 | 項目周期 |
框架圖A | 400 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 無基因預測和注釋 | 30 個自然日 |
框架圖B | 400 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 無基因預測和注釋 | 35 個自然日 |
框架圖C | 400 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 含基因預測和注釋 | 40 個自然日 |
框架圖D | 400 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 含基因預測和注釋 | 45 個自然日 |
完成圖 | 400 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 簡單真菌1 Contig N50 ≥ 500 kb 復雜真菌2 Contig N50 ≥ 300 kb | 60 個自然日 |
20,000 | PacBio | ~100 × |
1、簡單真菌：35% ≤ G+C% ≤ 65% 且雜合度 ≤ 0.5%且基因組 ≤ 40 Mb；
2、復雜真菌：G+C% > 65% 或 G+C% > 35%或雜合度 > 0.5%或基因組 > 40 Mb；
Contig N50：將組裝得到的 Contig 按序列長度從長到短排序并依次累加，當累加長度正好達到序列總長度 50% 時，最后一條序列的長度。
