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足彩6场半全场18076:轉錄組+基因組——原核生物研究必備套路

6场半全场胜负玩法介绍 www.qkhchm.com.cn 2019-05-10

原核轉錄組是原核生物領域分子機制研究的利器,但需要原核生物有參考基因組。而由于其復雜的多樣性,很大比例的物種仍然處于無參考基因組狀態。對于這些物種的研究,我們以合作客戶最新發表的幾篇原核轉錄組文章為例,來看轉錄組學和基因組學搭配,在原核生物領域的應用。


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文章題目:Genome and transcriptome analysis of Bacillus velezensis BS‐37, an efficient surfactin producer from glycerol, in response to D‐/L‐leucine?


合作單位:南京工業大學


內容簡介


表面活性素是最廣泛研究的生物表面活性劑之一, Bacillus velezensis BS-37可以通過添加甘油來有效地生產表面活性素。在甘油培養基中生長36小時后,該菌生產的總表面活性素濃度達到超過1,000mg / L,是蔗糖培養基中的兩倍。向培養基中添加l-和d-Leu對BS-37表面活性素的產生具有相反的作用。為了系統地闡明影響該生物合成過程效率的機制,文章對BS-37的基因組進行了測序,并分析了響應于d- / 1-亮氨酸的甘油培養基中轉錄組的變化。本研究的結果為表面活性素的合成及其調控方法提供了新的見解,并豐富了可用于構建高產菌株的基因組和轉錄組學資源。


研究思路


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結果展示?



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圖:基因組圈



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圖:添加d- / l-Leu下細胞生長和表面活性素生產 


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圖:負責表面活性素生物合成途徑的代謝圖譜


Zhou, D., Hu, F., Lin, J., Wang, W., & Li, S. (2019). Genome and transcriptome analysis of Bacillus velezensis BS-37, an efficient surfactin producer from glycerol, in response to d -/l -leucine. MicrobiologyOpen, e794.

 

文章題目:Genome sequence and transcriptomic profiles of a marine bacterium, Pseudoalteromonas agarivorans Hao 2018?


合作單位:齊魯工業大學


內容簡介


假單胞菌屬廣泛存在于海洋微生物生態系統中,并產生大量的生物活性物質,已引起許多研究人員的極大興趣。本文使用第二代Illumina和第三代PacBio測序技術報告了從鮑魚繁殖環境中分離的假單胞菌Pseudoalteromonas agarivorans Hao 2018的完整基因組序列。并使用Illumina測序技術從P. agarivorans Hao 2018的發酵培養物中收集了全面的RNA-seq數據。該研究中報道的數據集將用于分析假單胞菌的進化和環境適應以及用于發現新適用的基因和生物分子。


研究思路


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結果展示



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圖:基因組圈


Shan, K., Wang, C., Liu, W., Liu, K., Jia, B., & Hao, L. (2019). Genome sequence and transcriptomic profiles of a marine bacterium, Pseudoalteromonas agarivorans Hao 2018. Scientific Data, 6(1).


文章題目:Molecular Mechanism of N,N-Dimethylformamide Degradation in a Methylobacterium sp. Strain DM1?


合作單位:上海交通大學


內容簡介


N,N-二甲基甲酰胺(DMF)是最常見的異生素化學品之一,可以很容易地排放到環境中,對環境造成危害。在此,分離出有效的DMF降解菌株DM1并鑒定為甲基桿菌屬(Methylobacterium sp.)。該菌株可以使用DMF作為碳和氮的唯一來源。菌株DM1的全基因組測序顯示它具有5.66 Mbp染色體和200kbp的巨型質粒。質粒pLVM1特異性地含有DMF降解的初始步驟所必需的基因,并且染色體攜帶促進隨后甲基營養代謝的基因。通過分析轉錄組測序(RNA-seq)數據,闡明了完整的礦化途徑和DMF降解的冗余基因簇。本研究系統地揭示了甲基桿菌降解DMF的分子機制。


研究思路


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結果展示



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圖:菌株DM1基因組圈圖和N,N-二甲基甲酰胺降解的分子機制


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圖:應答DM1的DMF響應基因的轉錄組分析


Xinyu Lu, Weiwei Wang, Lige Zhang, Haiyang Hu, Ping Xu, Tao Wei, Hongzhi Tang.(2019). Molecular Mechanism of N,N-Dimethylformamide Degradation in a Methylobacterium sp. Strain DM1. Appl. Environ. Microbiol, AEM.00275-19.DOI: 10.1128/AEM.00275-19


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